A Autoridade de Gestão do Programa Operacional Regional de Lisboa 2014-2020 é uma estrutura de missão, criada pela Resolução do Conselho de Ministros n.º 73-B/2014 de 16 de dezembro, responsável pela gestão, acompanhamento e execução do programa e integra a Comissão Diretiva, composta por um gestor, que é por inerência o presidente da CCDR-LVT, e dois vogais não executivos, bem como o secretariado técnico. A Autoridade de Gestão do POR Lisboa 2020 responde perante a CIC Portugal 2020.
A Comissão Diretiva do Programa Operacional Regional de Lisboa é constituída pela presidente da CCDRLVT, Maria Teresa Mourão de Almeida - que preside na qualidade de Gestora do PO, e por dois vogais não executivos – Francisco José Poço Marques Asseiceiro e Vogal a designar - designado pelo Despacho n.º 4952/2020 de 24 de abril.
O Secretariado Técnico do Programa Operacional Regional de Lisboa, de acordo com a Resolução do Conselho de Ministros n.º 73-B/2014, de 16 de dezembro, integra um máximo de 17 elementos, entre secretários técnicos, técnicos superiores, assistentes técnicos, assistentes operacionais e coordenadores de projeto.
Por Despacho n.º 2264-C/2015 de 4 de março, foram nomeados os secretários técnicos Fernando Jorge do Nascimento Pires Nogueira, Isabel Alexandra Pinto Quaresma de Sá Luís, Maria Dulce Rodrigues Barros e Maria Joaquina Sim Sim.
Por Despacho n.º 2619-A/2015 de 11 de março, transitaram para o POR Lisboa 2020 os contratos de trabalho a termo incerto celebrados com a autoridade de gestão PO Regional de Lisboa do QREN.